2013-cü ilin sentyabr ayında bir qrup cəbrayıllı gəncin təşəbbüsü və maliyyə dəstəyi ilə yaradılan “Xudafərin” FK məşqlərə 2014 – cü ilin may ayından başlamasına baxmayaraq, qısa müddətdə 3 yaş qurupunda komanda təşkil edib AFFA – nın “Uşaq Futbolunun İnkişafı” çərçivəsində təşkil etdiyi Mərkəz Regionunun komandaları arasında yarışlara qatılıb. Debut ilindəcə 3 yaş qrupunda (U-12, U-13, U-14) yarışlarda inamlı oyun sərgiləyərək 10 – 12 komanda 
arasında müvafiq olaraq 4,6,5 ci yerləri tutub. 2015-2016 illər mövsümündə artıq bütün yaş qruplarında ( U-10,U- 11, U-12, U-13, U-14) mübarizəyə qatılan “Xudafərin” FK bu il də yüksək nəticəsi ilə azarkeşlərini sevindirib. Bu komandalardan U-12, U-13, U-14 yaş qrupları ikinci dövrəyə vəsiqə qazanıb. U- 13 komandası isə erməni işğalından bəri Cəbrayıl rayonu adına bir tarix yazaraq pley-offa yüksəlib. Bu mərhələdə əvvəlcə “Şirvan” üzərində 4 : 0 hesabı ilə inamlı qələbə qazanan “Xudafərin” Region birinciliyinin favoriti olan “Ağsu”ya da 2:1 hesabı ilə qalib gələrək respublika birinciliyinə yüksəlib. Aprel ayında keçiriləcək yarışda Bakı da daxil olmaqla 6 regionun 16 komandası mübarizə aparacaq. Rəqiblər arasında “Neftçi”, “Qəbələ”, “Qarabağ”, “İnter” kimi güclü klublar var.
